Mellan 40 och 50% av barnen med Downs syndrom föds med någon form av hjärtfel. Ibland kvarstår förbindelsen mellan lungartären och kroppspulsådern efter födseln. Detta kan rätta till sig själv efter några dagar. Det vanligaste hjärtfelet (ca 40% av hjärtåkommorna ) är dock att det mitt i hjärtat finns en förbindelse mellan höger och vänster hjärthalva. Det är viktigt att tillståndet behandlas snabbt, eftersom skador lätt uppstår på kärlen i lungorna, vilket i sin tur kan omöjliggöra operation för att sluta förbindelsen i hjärtat. Det rekommenderas att en barnhjärtspecialist omedelbart undersöker det nyfödda barnet. Medfödda hjärtfel opereras allt tidigare med mycket goda resultat. Dödligheten vid tidig hjärtoperation har i Sverige sjunkit till ca 5% och barnet får sällan något men efter operationen. Ett barn, som föds med hjärtfel, är ofta tröttare och svagare än andra barn. Ett opererat barn är att betrakta som hjärtfriskt. Hjärtats muskulatur är normal och som alla andra hjärtan behöver det träning för att fungera väl. Barnet med hjärtfel kommer troligen att lära sig sitta, krypa, stå och gå lite senare än barn utan hjärtfel.